***Вообще никаких проблем!!!! Для различный измерений я использую три программных продукта. Результаты АБСОЛЮТНО одинаковые!
Что-то сделали не ТАК!
Сразу скажу, для акустических измерений без хорошего (ровного) микрофонного предусилителя НЕ ОБОЙТИСЬ! Я использую Беринджер, не высокой линейки, но достаточно ровный по АЧХ. Мне для любительского использования достаточно! 
у меня был микроаш микрофон. 10 лет, из последних 5 лет просто валялся. По большому счету им кроме ач*** не чего не померять. Слишком много разных *но*, для замера фчх. Не далее чем сегодня приехал умик 1. Он юсб и комп видит его уже как карту. Т.е.погрешности калибровки ему побоку.
По коробочке- согласен. Провести измерения непосредственно в месте установки дело хорошее. Если мерить просто дины, то мне проще отвезти человеку и получить точные данные. Но не срослось, да и сейчас не вижу смысла возвращаться к коробочке, для себя. Хотя как знать.
В случае если источник сигнала даёт хороший бас, провода его не подрезают, АКБ и силовые хороши, а салон не перебивает всё свои дребезжанием - то у нас есть шанс.(с)